Oui, Black Doom survit aux événements de Shadow the Hedgehog.
À la fin de Shadow the Hedgehog, Black Doom est vaincu et jeté dans la Black Comet, qui est ensuite détruite. Cependant, il est révélé plus tard que Black Doom a survécu et prépare maintenant sa vengeance contre Shadow et le reste du monde.
Dans la suite du jeu, Sonic the Hedgehog (2006), Black Doom revient en tant qu'antagoniste principal. Il mène une invasion du monde humain et tente d'utiliser les Émeraudes du Chaos pour alimenter une arme appelée Eclipse Cannon. Shadow et ses amis sont capables d'arrêter Black Doom et de détruire le canon Eclipse, mais Black Doom lui-même s'échappe.
Le sort ultime de Black Doom est inconnu, mais il est probable qu'il ait été tué lors de la destruction de la Black Comet. Cependant, il aurait également pu survivre et potentiellement revenir dans un prochain match.