Un guppy respire à travers des organes respiratoires spécialisés appelés branchies. Leurs branchies sont situées sur les côtés de leur tête, derrière les yeux. Les branchies sont composées de filaments minces et délicats recouverts de minuscules vaisseaux sanguins. Lorsqu'un guppy prend de l'eau par sa bouche, il passe au-dessus des branchies où l'oxygène de l'eau est absorbé dans les vaisseaux sanguins. Dans le même temps, le dioxyde de carbone, un déchet de respiration, est libéré du sang et dans l'eau à travers les branchies. Le mouvement de l'eau sur les branchies est facilité par l'opécule du Guppy, qui est un volet osseux qui s'ouvre et se ferme sur les branchies, créant une action de pompage qui attire de l'eau dans et hors de la bouche et sur les branchies.