Les pingouins royaux (Aptenodytes patagonicus), ainsi que d'autres espèces de pingouins, appartiennent à l'ordre des sphénisciformes, qui comprend tous les pingouins vivants. Dans cet ordre, les pingouins royaux sont étroitement liés à d'autres espèces du genre Aptenodytes, en particulier:
Empereur Penguin (Aptenodytes forsteri):les pingouins royaux et les pingouins empereurs sont des espèces sœurs, ce qui signifie qu'ils partagent un ancêtre commun récent et sont les plus proches des parents les uns des autres. Le pingouin empereur est légèrement plus grand que le pingouin roi et connu pour son comportement de reproduction remarquable dans des conditions extrêmes en antarctique.
Northern Rockhopper Penguin (Eudyptes moseleyi):Bien que pas aussi étroitement lié que les pingouins empereurs, le pingouin du nord du rockhopper appartient à la même famille (Spheniscidae) que les pingouins royaux. Les pingouins Rockhopper ont des panaches de tête jaune distinctifs et sont connus pour leurs mouvements énergiques sur terre.
Les autres espèces de pingouins étroitement apparentées comprennent:
Macaroni Penguin (Eudyptes chrysolophus):les pingouins de macaroni ont des crêtes dorées distinctes et se trouvent dans les îles subantarctiques.
Pingouin royal (Eudyptes Schlegeli):les pingouins royaux présentent des crêtes jaunes frappantes et habitent l'île Macquarie et les régions subantarctiques voisines.
SNARES Penguin (Eudyptes robustus):trouvé une reproduction principalement sur les îles SNARES, ces pingouins ont également des crêtes jaune vif.
Bien que ces espèces ne soient pas des descendants directs ou des ascendants de pingouins royaux, ils partagent des relations évolutives au sein de la famille des Spheniscidae et, plus largement, de l'ordre des Sphénisisciformes.