Les baleines ne vivent généralement pas dans les récifs coralliens. Bien que certaines baleines puissent occasionnellement pénétrer dans les zones de récifs coralliens à des fins d'alimentation ou de migration, elles se trouvent généralement dans les eaux libres des océans et des mers. Les récifs coralliens sont des écosystèmes marins peu profonds principalement habités par divers coraux et organismes associés, et ils fournissent des habitats appropriés à de nombreuses espèces de poissons, d'invertébrés et de plantes marines associées aux récifs. Les baleines, étant de grands mammifères marins, préfèrent généralement les eaux plus profondes et effectuent souvent de vastes déplacements sur de vastes distances océaniques. Certaines espèces de baleines, comme la baleine à bosse, peuvent s'approcher des zones de récifs coralliens pour se reproduire ou se nourrir, mais elles ne résident pas dans les récifs coralliens en permanence.