La principale cause de la réduction de la variation génétique chez les espèces menacées, que l’on ne trouve désormais que dans les zoos, est le phénomène connu sous le nom d’effet fondateur. L'effet fondateur se produit lorsqu'un petit groupe d'individus s'isole d'une population plus large et établit une nouvelle population. Ce petit groupe peut ne pas représenter toute la diversité génétique de la population d'origine, entraînant une perte de variation génétique dans la nouvelle population.
Les espèces menacées que l'on ne trouve désormais que dans les zoos proviennent souvent de petites populations isolées qui ont été réduites à des effectifs extrêmement faibles en raison de divers facteurs tels que la perte d'habitat, la chasse et la surexploitation. Lorsque ces espèces sont introduites dans des zoos à des fins de conservation et de reproduction, elles peuvent ne contenir qu'une fraction de la diversité génétique qui existait dans la population sauvage.
À mesure que ces espèces se reproduisent en captivité, la variation génétique limitée se concentre davantage, entraînant une perte d'allèles et une diversité génétique réduite. Au fil du temps, cela peut avoir des effets néfastes sur la capacité de l’espèce à s’adapter aux conditions environnementales changeantes et sur sa vulnérabilité accrue aux maladies, la rendant ainsi plus vulnérable à l’extinction.
Pour atténuer les effets de l'effet fondateur et préserver la diversité génétique, les programmes de conservation dans les zoos mettent souvent en œuvre des stratégies telles que la sélection sélective, la gestion des populations et le sauvetage génétique. Ces mesures visent à introduire du nouveau matériel génétique dans les populations captives, à maintenir la diversité génétique et à réduire le risque de dépression consanguine et d'autres problèmes génétiques pouvant découler d'une faible variation génétique.