La saison de reproduction des chauves-souris de fruits varie en fonction de l'espèce et de la localisation géographique. Par exemple, en Inde, le renard volant indien (Pteropus giganteus) a une saison de reproduction de mars à mai, tandis que la plus grande batte de fruits à nez court (Cynopterus sphinx) se reproduit d'août à novembre.
En général, les chauves-souris de fruits présentent de la polygynie, dans laquelle les mâles s'accouplent avec plusieurs femelles. Les femmes donnent naissance à un seul chiot après une période de gestation qui dure généralement plusieurs mois. Les chiots naissent les yeux fermés et dépendent de leur mère pour la nourriture et les soins. Ils apprennent à voler et à se nourrir d'eux-mêmes en quelques mois et à atteindre la maturité sexuelle vers l'âge d'un an.
Certaines espèces de chauves-souris de fruits, telles que la batte de fruits de couleur paille (Eidolon Helvum), présentent une reproduction synchronisée, dans laquelle un grand nombre d'individus accouchent en même temps. On pense que c'est une adaptation pour réduire le risque de prédation sur les femmes enceintes et les jeunes chiots.