Si des animaux de ferme transgéniques se heurtent à des populations sauvages, ils peuvent avoir des effets extrêmement désagréables sur l'écosystème naturel. Un exemple de cela pourrait être une inhabitude, où le matériel génétique des animaux transgéniques entre dans des populations sauvages. Cela peut modifier le pool génétique des populations sauvages et finalement entraîner des impacts négatifs sur leur forme physique et leur adaptabilité. Les animaux transgéniques peuvent également transporter des agents pathogènes ou des substances nocives qui peuvent affecter les animaux sauvages lorsqu'ils entrent en contact.